Postęp w technologiach diagnostycznych i sekwencjonowania w ostatnich latach był rewolucyjny. Rozwój ten utorował naukowcom drogę do gromadzenia skarbnicy danych biologicznych. Jednak przełożenie tych danych na praktyczne spostrzeżenia lub przełomowe odkrycia medyczne często wymaga czegoś więcej niż zwykłej wiedzy dziedzinowej - wymaga to szerokich umiejętności obliczeniowych. W tym miejscu do gry wkracza przełomowa praca Watershed Bio.
Innowacyjna platforma firmy Watershed Bio, oparta na chmurze, umożliwia naukowcom i bioinformatykom przeprowadzanie złożonych eksperymentów oraz analizowanie ogromnych zbiorów danych bez konieczności pisania kodu. Jest to możliwe dzięki konfigurowalnym interfejsom i szablonom przepływu pracy, które obsługują różnorodne typy danych, takie jak sekwencjonowanie całego genomu, transkryptomika, proteomika, metabolomika, obrazowanie o wysokiej zawartości informacji oraz fałdowanie białek i wiele innych.
“Naukowcy chętnie zgłębiają aspekty swojej dziedziny związane z oprogramowaniem i nauką o danych, ale nie dążą do tego, by zostać inżynierami oprogramowania tylko po to, by odczytać swoje dane” – mówi Jonathan Wang (rocznik ’13, SM ’15), współzałożyciel i dyrektor generalny firmy Watershed Bio. “Zaprojektowaliśmy Watershed tak, aby nie musieli tego robić”.”
Droga Wanga rozpoczęła się na MIT, gdzie zamierzał studiować biologię, ale wkrótce zainteresowały go skalowalność i natychmiastowe pętle sprzężenia zwrotnego charakterystyczne dla informatyki. Ukończył studia licencjackie i magisterskie na Wydziale Elektrotechniki i Informatyki (EECS). Doświadczenia zdobyte podczas stażu w laboratorium biologicznym uświadomiły Wangowi rażący kontrast między dynamicznymi środowiskami opartymi na sprzężeniu zwrotnym w informatyce a powolnymi, ręcznymi eksperymentami w biologii.
Przed uruchomieniem Watershed, Wang był współzałożycielem firmy zajmującej się handlem wysokiej częstotliwości wraz z zespołem kolegów z MIT. Podczas tej kadencji zidentyfikował powtarzający się problem: naukowcy celowali w budowaniu prototypów, ale zmagali się z przekształcaniem ich w modele gotowe do produkcji - zadanie to spadało na inżynierów, którzy często nie mieli pełnego zrozumienia procesu badawczego, co hamowało innowacje.
Aby temu zaradzić, opracowali warstwę oprogramowania, która uprościła wdrażanie modeli gotowych do produkcji, odzwierciedlając łatwość budowania prototypów. Po latach Wang dostrzegł analogiczne wąskie gardło w biologii. Koszt sekwencjonowania znacznie spadł, co doprowadziło do zalewu danych biologicznych. Jednak narzędzia obliczeniowe do przetwarzania tych danych były opóźnione, stawiając biologów na łasce inżynierów lub naukowców zajmujących się danymi, którzy nie zawsze rozumieli kontekst biologiczny.
Dostrzegając te podobieństwa, Wang współzałożył Watershed w 2019 roku wraz z lekarzem i innym absolwentem MIT Markiem Kalinichem '13. Firma podjęła wspólny wysiłek, aby wypełnić tę lukę i od tego czasu rozrosła się, obsługując laboratoria akademickie i firmy biotechnologiczne różnej wielkości.
Pionierska platforma firmy Watershed została zaprojektowana tak, aby udostępniać użytkownikom zaawansowane narzędzia, takie jak AlphaFold i Geneformer, bez konieczności konfigurowania serwerów czy pisania kodu. Oferuje gotowe szablony obsługujące najpopularniejsze typy danych, możliwość przeprowadzania analiz na dużą skalę w chmurze oraz wygodę łatwego udostępniania procesów roboczych i wyników współpracownikom.
Wang jest przekonany, że przyspieszenie procesu badawczego nawet dziesięcio- lub dwudziestokrotnie mogłoby stanowić ogromny przełom w napędzaniu postępu naukowego. Z platformy Watershed korzystają już firmy farmaceutyczne, podejmując strategiczne decyzje dotyczące eksperymentów i potencjalnych leków, a także naukowcy akademiccy, którzy chcą stosunkowo łatwo zagłębiać się w złożone zbiory danych.
Obserwując sukces platformy w tych różnych dziedzinach, Wang zauważa, że wspólnym mianownikiem jest zrozumienie badań naukowych – nawet bez biegłej znajomości informatyki czy inżynierii oprogramowania – oraz chęć przyspieszenia procesu odkryć. “To ekscytujące obserwować ewolucję tej branży. Dla mnie to wspaniałe, że jestem absolwentem MIT, a teraz wróciłem do Kendall Square, gdzie ma siedzibę firma Watershed. To właśnie tutaj ma miejsce tak wiele przełomowych osiągnięć. Staramy się wnieść swój wkład w kształtowanie przyszłości biologii”.”
Oryginalny artykuł można znaleźć pod adresem MIT News.
Ta strona używa plików cookie.